La Universidad Complutense fue el primer Campus universitario del Mundo, la primera Ciudad Universitaria -Alcalá de Henares- con un trazado urbanístico propio y una de las más importantes de la Edad Moderna.
Fundada en 1499 por el Cardenal Cisneros, su concepto urbanístico, académico y administrativo, supusieron una auténtica revolución dentro del sistema tradicional universitario y sirvió de modelo para algunas de las universidades posteriores, especialmente las americanas. En el centro de todo este sistema se encontraba el Colegio Mayor de San Ildefonso, hoy Rectorado de la Universidad de Alcalá de Henares.
Destacan en el su imponente fachada, que fue levantada en estilo plateresco por Rodrigo Gil de Hontañón entre 1537 y 1553 y constituye una de las joyas del Renacimiento español, los patios de Santo Tomás de Villanueva y Trilingüe y su Paraninfo construido entre 1516 y 1520, en el que se entrega el Premio Cervantes. Además, en él se asentaban las aulas de los estudios superiores, la biblioteca, la hospedería, la cárcel y la Capilla, entre otras dependencias. Sus 33 colegiales regían la vida académica, eligiéndose de entre ellos al Rector. De el dependían el conjunto de cuarenta colegios que llegó a tener la Universidad Complutense a lo largo de su historia.
En la Capilla descansan dos de los grandes personajes de la Universidad, Antonio de Nebrija y el Divino Vallés, y se guarda el impresionante sepulcro del Cardenal Cisneros.
Cerradas sus aulas en 1836, es trasladado el «cadáver» de la Institución, a Madrid, fundando con ella, los Estudios de San Isidro y el Museo de Ciencias Naturales, la Universidad Central de Madrid, la cual, en 1970, se apropia de la denominación histórica de la sede fundacional de aquella en Alcalá de Henares, pasando a denominarse «Universidad Complutense de Madrid»; tergiversación histórica que provoca que, una vez restituida a la Ciudad de Alcalá la categoría de Ciudad Universitaria en 1977, sea denominada Universidad de Alcalá de Henares.