MagistralLevantada sobre el lugar en el que fueron martirizados los Santos Niños Justo y Pastor, patronos de Alcalá. El actual templo fue iniciado por el arzobispo Carrillo, aunque el impulso fundamental y definitivo se debe al Cardenal Cisneros, cuyo diseño definitivo encomendó a los hermanos Antón y Enrique Egás, que edificaron el templo entre 1497 y 1515, en estilo gótico final.
Tras el incendio que sufrió en la Guerra Civil perdió una parte considerable de su patrimonio. Restaurada posteriormente, estás labores concluyeron con el Plan Nacional de Catedrales. Desde 1991 es la Catedral sede del Obispado, al reinstaurarse la Diócesis de Alcalá después de casi 1000 años.
Posee el título de Magistral desde 1519, siendo la única del mundo junto a la Colegiata de San Pedro en Lovaina (Bélgica). Este título indicaba que sólo podían ser canónigos del templo aquellos que hubieran sido catedráticos de Teología o Filosofía (Magister).
En la Catedral Magistral de Alcalá descansan los restos del cardenal Cisneros, de los arzobispos Carrillo y García de Loaysa y de San Diego de Alcalá, entre otros.